עפ"י סיפורי הרבי הרייצ מלובאוויטש
הוא המתין עד שמנין ותיקין סיים תפלתו, שמע ברכו, קדושה, חזרת הש"ץ, ןכן כל הקדישים והלך אל הנהר שבסביבה לטבילה, ואח"כ נעמד להתפלל, וכאשר ר' מרדכי מתפלל שקוע הוא כולו במוצא שפתיו ואינו מרגיש כלל בנעשה סביבו, תפילתו חרישית אך מזמן לזמן מתפרץ בקול זמר באמירת קטע או פסוק מתוך התפלה, בשמחה ובהצלחה.
תפלה, אורכת לר' מרדכי חמש שש שעות, תפלת שבת יותר ארוכה, וכל זה קשור בסדרי ההכנה לתפלה, ההכנה לתפלה גם היא אורכת זמן רב,
בשנים עברו כאשר הוא היה עדיין מתנגד, ורצה לעורר בנפשו יראת הרוממות מפני קב"ה, למען ידע וירגיש בנפשו שלפני ה' הוא עומד, היה נוהג לגשת אל העמוד שליד ארון הקודש, וקורא את אותיות הנחושת שמעל העמוד,דע לפני מי אתה עומד,
היה סוגר עיניו ומצייר במחשבתו דמות חיה רעה ואיומה בשם בופלו (סוג חיה רגזנית ענקית מדה) וחושב, באם היה פוגש ברחוב חיה זו המזנקת עליו, ברגעים הללו היה כל מחשבותיו אך ורק איך לברוח ממנה, ושום מחשבה זולתה לא היה מסוגל לחשוב,
והנה – הוא ממשיך לתאר במוחו – הקב"ה הוא הבורה של החיה הזאת ושל עוד מליוני חיות דוגמתה, הרי צריך לפחד מהקב"ה פחד גדול ונורא, וצריך לחשוב אך ורק אודות השי"ת וח"ו לא לחשוב שום מחשבה זרה, רק לעמוד לפניו ית' באימה וביראה, ואחרי התבוננות היה תוקף אותו פחד ורעדה והיה חוזר למקומו ומתחיל להתפלל.
כל זה היה פעם כשהיה צעיר לפני שהתחיל ללמד קבלה, כשהייתה לו ידיעה בקבלה היה לו סדר בהכנה לתפלה, וכשכבר למד קבלה והרגיש שעומד בדרגה גבוהה היה חושב כהכנה לתפלה שמות מלאכים ובעצמו חבר שירים ופזמונים בהם הופיעו שמות שונים של מלאכים , תוכן השירים היו שהמלאכים במחילה מכבודם יטריחו עצמם לאמר להקב"ה שר' מרדכי יתפלל אליו עוד מעט.
והוא ממשיך לחשוב להזכר, כבר בימים הראשונים אחרי בואי אל "הבעל שם טוב" נהפכתי לאיש אחר,כעת שזכיתי להכיר את דרכי ה' של רבינו הקדוש, הרי גם ההכנה אל התפלה שונה לגמרי,
ובכל זאת לא תמיד – אפילו אחרי הכנה – התפילה שגורה בפי, ולא פעם אחת התלוננתי בפני רבי "הבעל שם טוב" שעבודת התפלה עולה לי בעמל רב ובקשתי את "הבעל שם טוב" שיברכני "שתפילתי תצליח" וע"ז ענה לי הרבי; פעל יותר בקרבך פנימה ואז הזריעה נותנת יבול יותר גדול.
בזמן הראשון לשהותו אצל "הבעל שם טוב" התפלא ר' מרדכי על עצמו, מדוע בלימוד יש לו עונג גדול, ולומד בחשק ומהתמדה ואלו עבודת התפלה דומה לו כזרה וקשה עליו העבודה.
עברה אז תקופה בה לא רצה לעמול בעבודת התפלה וכמעט החליט לא להתמסר לעבודה זו (הוא שמר ביותר על סדרי הזמן) והיה מתמיד גדול בעת ההיא אמר הרבי תורה ובתוך דבריו הביא מאמר הגמרא כי לימוד התורה נקרא חיי עולם, ועבודת התפלה נקרא חיי שעה, ופי' "הבעל שם טוב" : לימוד התורה הוא חיי עולם, התורה מפרשת איך לנהוג בחיי עולם, אבל התפלה היא חיי שעה, שעה פירוש "פניה" התפלה מלמדת איך צריך לפנות אל הקב"ה.
כאשר שמע ר' מרדכי תורה זו " מהבעל שם טוב " , חיי עולם וחיי שעה, וההבדל ביניהם ובהיותו למדן גדול בתורת הנגלה ובעל ידיעה גדולה בתורת הקבלה, הרגיש את נקודת האמת שבדברים, ותורה זו עוררה והפכה בקרבו פניה נפשית ומאז התחיל לעמול בעבודת התפלה, אותו יום שתפלתו היתה שגורה בפיו כפי הנדרש קראה "שבת".
לעתים קרובות ביותר חוזר ר' מרדכי לעצמו את דברי התורה ששמע "מהבעל שם טוב" בתקופה הראשונה לבואו,
פירוש על מאמר הגמרא שבת דף ס"ט ע"ב : היה מהלך במדבר ואינו יודע מתי שבת. מונה ששה ימים (מיום ששם אל לבו ששכח ומשמר השביעי רש"י) ומשמר יום אחד, חיי בר רב אומר : משמר יום אחד ומונה ששה. במאי קמיפלגי? רב הונא סבר כברייתו של עולם (ימי חול נמונו תחילה, רש"י) ומסביר, ישנם אומר "הבעל שם טוב" – שני סוגי עבודה, עבודת ששת ימי החול, ועבודת השבת. ובכול שבוע ישנם ששה ימים והם מדות חסד, גבורה, תפארת, נצח, הוד, יסוד, ובהכרח שיום אחד יהיה שבת.
שהיא ספירת ומדת המלכות, ובזה, בסוגי עבודה של ששת ימי החול ויום השבת גם כן ישנם שני סוגי עבודה;
באם ששת ימי המעשה הם תחילה אז יום השביעי הוא יום השבת והוא שכר של ימי העבודה. דרך שניה היא: תחילה הוא יום השבת והשפע מיום זה משפיע על ששת ימי המעשה. עבודת השבת היא תפילה, תורה נקראת מדבר.
אמר ר' הונא : הי' מהלך במדבר כולו שקוע בתורה, ואינו יודע אימתי שבת, ואינו יודע מהי עבודת התפילה, אז העצה לזה היא למנות ששה ימים. דהיינו : יעמול עם ששה מדותיו בכדי להבין ולהזכר לשם מה נברא העולם, אשר העיקר הוא להכיר בגדולת הבורא וזה בא רק ע"י עבודת התפלה וזהו שפרש"י מיום ששם אל לבו ששכחו ורק אחרי ששה ימים משמר יום אחד, שזהו יום השביעי, עבודת התפילה בקבלת עול מלכות שמים, ועל כן היא "מלכות" .
חיי בר רב : האדם שיש לו חיות בתורה, כלומר הלומד תורה לשמה, אצלו הסדר שהוא משמר יום אחד ומונה ששה ימים, אצלו עבודת התפלה מוסיפה חיות בתורה, בריאת העולם הלא היתה בשביל עבודת הבירורים ןעל כן עבודת התפלה,האדם הראשון, יציר כפיו של הקב"ה שזוהי עבודת שבת ואז עבודת התפלה תחילה והיא מוסיפה חיות בתורה.
תורה זו שמע ר' מרדכי בין התורות הראשונות ששמע "מהבעל שם טוב" וזו חרטה בו רישומה ואז התחיל לעסוק בעבודת התפלה, ר' מרדכי היה חוזר רבות על התורה הנ"ל באותו קול וניגון שאמרה "הבעל שם טוב" ובכל פעם אחרי שחזר עליה היה מתעורר בחשק ורצון לעבודת התפלה וכך היה זה גם הפעם.
כאשר חזר ר' מרדכי מהנהר שטבל בו, התחיל מכין עצמו לתפלה ; חוזר על התורה מספר פעמים מתוך עמוקות הדעת ונעמד להתפלל.